要寻找火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟这三只传说中的鸟宝可梦，它们各自有着固定且唯一的出现地点，玩家需要满足特定的前置条件并进行探索才能与之相遇。
火焰鸟位于1号岛的灯火山山顶，前往该地点需要先获得船票并击败火系道馆馆主以取得火山勋章，之后方可进入火山区域，在登山途中还需要使用怪力技能推开挡路的岩石。
闪电鸟藏匿于无人发电厂的最深处，玩家通常需要从洛可塔隧道东面的水路出发，利用冲浪技能到达发电厂入口，进入内部后路线较为曲折，沿着左侧墙壁前进可以较为快捷地抵达其所在房间。
急冻鸟则需要在20号水路的双子岛通过解谜来寻找，具体位置在岛屿最深处的洞穴中，玩家必须按照正确的顺序将岩石推入洞中以堵住急流，解开瀑布后的机关才能见到它，推石的顺序普遍被认为是上、右、下、左。
这三只神兽的等级均约为50级，捕捉时建议提前做好针对性准备，对抗火焰鸟可准备水系或岩石系宝可梦，应对闪电鸟需注意其强力的电系招式，而与急冻鸟对战时则建议使用火系或钢系宝可梦来抵抗其冰属性攻击。
通用的捕捉策略是将神兽的血量削弱至红色状态，并尽可能使其陷入睡眠或麻痹等异常状态，这能显著提高捕获成功率；若没有大师球，在持久战中使用时间球是有效的替代方案，其捕捉率会战斗回合数的增加而提升。
